La colisión tuvo lugar "entre las estaciones de Maragha y Tahta", precisaron fuentes locales.
Según autoridades ferroviarias, el tren Luxor-Alexandria y el tren Asuán-El Cairo chocaron porque unos individuos no identificados "aplicaron el freno de emergencia en varios vagones" del primero de los trenes.
La segunda formación, que circulaba en la misma dirección, chocó contra el último vagón del primero.
Filmaciones registradas tras el accidente mostraban vagones destruidos, con pasajeros atrapados entre los escombros.
La Fiscalía abrió una investigación sobre las circunstancias del accidente.
El presidente egipcio Abdel Fattah el-Sissi dijo que estaba monitoreando la situación y que los responsables recibirían un "castigo disuasorio".
Egipto tiene un triste historial de accidentes ferroviarios.
El peor de ellos, en 2002 300 personas murieron cuando se incendió un tren que iba del Cairo al sur de Egipto.