En realidad, Fernández hizo mucho más que criticar el acuerdo firmado por la exPresidente, ratificado por la mayoría kirchnerista en el Congreso, pero luego declarado inconstitucional por la justicia argentina.
Fernández, en aquel entonces enemistado con la entonces Presidente, dijo que la firma del memorándum fue "un acto de encubrimiento" del atentado, y cuestionó el criterio del juez Daniel Rafecas por haber desestimado la denuncia que Alberto Nisman, quien fuera fiscal de la causa AMIA, hizo 4 días antes de ser hallado sin vida y con un disparo en la cabeza.
En una entrevista que le había concedido al canal TN en febrero de 2015, Fernández le explicó a Nelson Castro las distintas "etapas" de un delito.
"Rafecas dice que el delito nunca se consumó, porque Irán no aprobó el acuerdo. Pero él no dice que el delito no existe, dice que el delito quedó en una etapa preparatoria", dijo entonces y afirmó: "lo que está diciendo Rafecas implícitamente es que es acuerdo tenía un fin de encubrimiento".
En la opinión de aquella vez del ahora Presidente, "el delito comenzó a ejecutarse con la firma del convenio y no se consumó por circunstancias ajenas a los autores, que fue que una cámara declaró inconstitucional el tratado". "Eso dejaría el encubrimiento en grado de tentativa", sentenció.
"El acto de encubrimiento es la firma del acuerdo, que lo que Nisman dejaba al descubierto es cómo el Gobierno se valía de personajes secundarios, marginales para relacionarse con el gobierno de Irán", dijo.
Por esos comentarios, Fernández fue citado a declarar como testigo en la causa que retomó el juez Claudio Bonadio y que terminó con el procesamiento de la actual vicepresidente y otros exfuncionarios, en una causa que pasó a instancia de juicio oral.
En esa citación, en julio del año pasado, cuando ya había recompuesto relaciones con Cristina Fernández y esta lo nominó como candidato presidencial, Fernández redujo sus comentarios a una mera "opinión".