Pero es en la crisis política que se desata entre fines de 2001 y comienzos del 2002, cuando el Congreso adquiere la mayor dimensión política en su acción. Los cinco Presidentes en diez días se fueron dando por sucesivas decisiones del Congreso. Por aplicación de la ley de acefalía, la Asamblea Legislativa -senadores y diputados sumados- eligió a dos presidentes: primero a Rodríguez Saa y después a Duhalde.
Durante su gobierno, el Congreso aprobó leyes importantes para enfrentar la crisis, acompañando en general las decisiones del Poder Ejecutivo.
En el caso de Néstor Kirchner, quizás los momentos más difíciles en el Poder Legislativo fueron al comienzo de la gestión, al llevarse adelante el juicio político a varios miembros de la Corte. Posiblemente, el proyecto más importante para la acumulación de poder que buscaba el entonces Presidente, fue la aprobación de los superpoderes permanentes en 2006, proyecto por el cual la delegación de facultades del Congreso en el Presidente se hizo permanente y dejó de requerir la renovación anual como venía sucediendo desde 2001.
En conclusión, por lo general el Congreso aumenta su rol en la Argentina en los momentos de crisis económica o dificultades políticas y desde esta perspectiva, lo que hoy está sucediendo no parece ser la excepción.