El procesamiento y orden de arresto de Bonadio fueron confirmados por la Cámara Federal, aunque la carátula fue modificada: se dejó de lado la "traición a la patria" y imputó a la exPresidente por encubrimiento del atentado terrorista perpetrado en 1994.
Este último fallo también fue confirmado por la Cámara de Casación, decisión contra la que la defensa de CFK interpuso el recurso de queja ante la Corte.
El fallo del máximo tribunal fue dictado por unanimidad con la firma Carlos Rosenkrantz, Elena Highton de Nolasco, Juan Carlos Maqueda, Ricardo Lorenzetti y Horacio Rosatti.
En una sentencia a parte, la Corte también falló en el mismo sentido contra un pedido de Oscar Parrilli, extitular de la AFI, también procesado en esta causa.
La causa por el memorándum de entendimiento con Irán surge a partir de la denuncia que realizó el fiscal Alberto Nisman -entonces titular de la fiscalía especial que investiga el atentado- 4 días antes de aparecer muerto de un disparo en la cabeza, en circunstancias que aún no se han determinado.
En 2015, Nismán acusó a la entonces Presidente, su canciller, Héctor Timerman, y a otras figuras del kirchnerismo, de intentar "fabricar" a través del acuerdo con Irán la inocencia de los imputados por la voladura de la mutual judía, ciudadanos de ese país.
La denuncia fue desestimada por el juez Daniel Rafecas, lo que fue confirmado luego por las instancias de apelación. No obstante en diciembre de 2016, con otro Gobierno, Casación hizo lugar a reclamos de diversos sectores, como la DAIA, y reabrió el caso, apartando a los jueces que habían intervenido inicialmente.
Tras un sorteo, la causa quedó radicada en el juzgado de Ariel Lijo, pero finalmente quedó en manos de Claudio Bonadio, quien ya instruía una causa conexa contra Héctor Timerman, fallecido recientemente.
