Boutros-Ghali fue criticado por el fracaso de Naciones Unidas para actuar durante el genocidio de 1994 en Ruanda y por no presionar lo suficiente para generar una intervención del organismo destinada a poner fin a la guerra civil de Angola en la década de 1990, que era en ese entonces uno de los conflictos más largos del mundo.
También fue abucheado en Sarajevo, Mogadiscio y Adís Abeba. Su estilo era meterse en las multitudes y hacer frente a los manifestantes cuando los guardias de seguridad lo permitían. "Estoy acostumbrado a que los fundamentalistas en Egipto discutan conmigo", dijo a la agencia Reuters en una ocasión.
Sorprendió a muchos en Sarajevo cuando dijo que no trataba de restar importancia a los horrores de Bosnia, pero que hubo otros países en los que la cifra "total de muertos fue mayor que aquí".
En Etiopía, dijo a jefes militares y líderes de clanes somalíes que dejaran de culpar a Naciones Unidas y a él del colonialismo, añadiendo que deberían estar preocupados de que las ex potencias coloniales podrían ignorar su difícil situación si continuaban luchando.
"La Guerra Fría ha terminado", sostuvo en otra ocasión. "Nadie está interesado en los países pobres de África o en cualquier lugar en el mundo. Ellos pueden olvidarse fácilmente de Somalia en 24 horas", agregó.