Sin embargo, Rafecas -una semana después de analizar el expediente- decidió rechazar la acusación al entender que era infundada y "no había delito". En su fallo, argumentó que como el pacto con Irán ni comenzó a regir, no se había producido ni siquiera el "principio de ejecución de un delito".
Después de la decisión del juez federal, el fiscal de Cámara, Germán Moldes, le solicitó a la Justicia que investigue la denuncia de Nisman, por lo que la decisión quedó entonces en manos de la Cámara Federal. En su rol de fiscal de Cámara, Moldes debía sostener la acusación para que no se archivara el caso.
Entre sus argumentos, el funcionario judicial valoró el trabajo realizado por el fiscal Pollicita y se remitió a la apelación presentada cuando dijo que "la destacada labor del agente fiscal desarrollada en este caso poco espacio ha dejado para que ella sea mejorada, pues ha cubierto todos los puntos que la resolución mostraba criticables. Entonces cualquier intento de profundizar solo iría por el camino de la inútil reiteración en detrimento de toda originalidad".
Moldes, además, cuestionó el fallo adoptado por Rafecas al considerar que el juez debió haber abierto la causa cuando dijo que "para poder arribar a una conclusión válida se hace imprescindible la realización de, cuando menos, una batería básica de medidas conducentes a erradicar tales dudas e inquietudes".