La causa penal contra el ex funcionario se abrió hace casi 6 años, 5 meses después de que el Tribunal de Cuentas informara que no había podido justificar un incremento patrimonial de $1.727.153.
La pesquisa abarcó un período de doce años (1992-2004) y el juez consideró, a priori, que a valores históricos, es decir en 2002, Alvarez se enriqueció ilícitamente por una suma cercana a los $700.000, ya que los peritos contables determinaron -al comparar ingresos con egresos- que su patrimonio no podía ser muy superior a los $300.000.
Pero como éste, de acuerdo a los peritajes, rondaba el $1.000.000, no pudo demostrar cómo obtuvo sus dos terceras partes. Si esos números se actualizaran las cifras finales del enriquecimiento podrían triplicarse.
Tras conocerse el fallo, 'Patucho' Álvarez padre dijo sentirse víctima de una "persecusión política". "No tuve ni tengo $110 millones de la actual moneda. En la fecha en la cual se hace referencia (a esa suma), significaba más o menos un tercio del presupuesto provincial. También es obvio que no tuve nunca 7.500 cabezas de ganado", dijo el procesado exfuncionario en su defensa.
En esta causa, Patucho llegó hasta la Corte Suprema, pero el tribunal le denegó un recurso de queja.
Álvarez también está procesado por sustracción de caudales públicos en la causa de los 73 "viajes fantasmas" ordenados por el Ministerio de Bienestar Social pampeano a la empresa Swiss Travel.
Álvarez dejó de ser ministro en 1999 siguió trabajando para la administración pública y regresó a ser funcionario en julio de 2001, luego de lo cual fue designado por el Gobierno nacional en el Programa Federal de Salud (PROFE).