Arruabarrena debutó en 1ra. Division el 25/04/1993 en Boca Juniors contra Newell's Old Boys. Y fue cedido a Rosario Central en 1996. De regreso a Boca Juniors, marcó su 1er. gol el 24/08/1997, contra Argentinos Juniors.i.
Su día de gloria como goleador fue en la 1ra. final de la Copa Libertadores de América, en el año 2000: marcó los 2 goles con que Boca Juniors empató de local ante el Palmeiras.
Jugó 7 temporadas en el Villarreal, donde arribó ese mismo año. Fue titular en aquel equipo que entrenó Manuel Pellegrini y llegó a escalar en la Champions League.
Luego de varias temporadas en España, pasó al fútbol de Grecia, regresó a la Argentina donde jugó para Tigre y el 06/12/2010 anunció su retiro del futbol profesional tras conseguir el Campeonato Petrobras 2010 con la Universidad Católica.
Su entrenador en Tigre fue su ex compañero en Boca, Diego Cagna. Con él y con Juan Antonio Pizzi (hoy día entrenando a San Lorenzo de Almagro) conversó acerca de sus posibilidades como DT. Hizo el curso durante su estadía en Tigre, en el estadio de Platense.
En 2011 asumió como entrenador de Tigre con la misión de salvar al equipo del descenso.
El equipo fue subcampeón y consiguió el objetivo. La campaña siguiente fue mala y el 21/10, renunció a su cargo, tras conseguir 6 puntos sobre 33 posibles.
Desde que dejó Tigre le han preguntado en reiteradas ocasiones si se encuentra listo para entrenar a Boca Juniors. Varios ex jugadores del plantel que él integró hoy día son DT: Cagna, Martín Palermo, los mellizos Barros Schelotto.
Él dijo:
> "Creo que cualquier jugador de fútbol que jugó en Boca, y es técnico, le gustaría dirigir en el club más grande de la Argentina. Si aparece la posibilidad, hay que demostrar que uno está capacitado, y sino hay que seguir trabajando en otros lugares, y el tiempo dirá, si tendré o no la posibilidad de dirigir al club del cual uno es hincha."
> "No estoy esperando a Boca. Por eso si en estos días surge algo que me interese, allí iré. Tengo ganas de trabajar y después de la de Argentinos ya tuve otras dos o tres propuestas".
> “De Boca no me llamó nadie. Estamos escuchando propuestas de aquí y de afuera. Uno se tiene confianza para dirigir a Boca. Me puede tocar como no, pero uno tiene que estar tranquilo. El ciclo (de Julio César Falcioni) es exitoso en cuanto a resultados. Te puede gustar o no, pero para mí Falcioni está a la altura de lo que le demanda Boca. Quien no quiere ver esto, no está viendo la realidad”.
En cuanto a si Juan Román Riquelme jugaría en su equipo, fue muy cauteloso: "Sé que hubo rumores de Boca y se habló de mi amistad con Riquelme, pero si yo voy allí, y me dicen que él está en el plantel, lo voy a utilizar, pero no porque tengamos una relación sino porque coincide con mi forma de ver el juego". Actualmente Riquelme no está en el plantel de Boca.
