Por eso, la exfiscal recurrió a la Corte Suprema con dos planteos. En uno solicitó un amparo contra el Tribunal de Enjuiciamiento que la juzgó porque uno de los acusadores fue un abogado que no es fiscal. En otro pidió el per saltum para que su caso sea analizado directamente por el máximo tribunal y la devuelvan a su cargo.
Luego, en abril de 2024, los jueces de la Corte le pidieron al Superior Tribunal de Justicia de Entre Ríos la causa principal para analizar todo el caso que involucra a Goyeneche, y envió una copia a la Procuración General para que Eduardo Casal, el jefe interino de los fiscales, se pronuncie al respecto.
Casal pidió a fines de junio que la sentencia validada por el jury sea anulada. Entre sus argumentos coincidió con Goyeneche en que un abogado de la lista de conjueces no puede ser designado para reemplazar al órgano acusador ante el jurado de enjuiciamiento, sino que debió ser alguien del Ministerio Público.
Finalmente, la Corte Suprema, de forma unánime, hizo lugar al recurso extraordinario presentado por Goyeneche y revocó la sentencia del Superior Tribunal de Justicia de la provincia. Horacio Rosatti, Carlos Rosenkrantz, Juan Carlos Maqueda y Ricardo Lorenzetti consideraron que existieron graves irregularidades en la conformación del órgano acusador y en la integración del Jurado de Enjuiciamiento que la destituyó.
Además, la Corte argumentó que el Superior Tribunal provincial no trató cuestionamientos relacionados con la ausencia de imparcialidad del Jurado de Enjuiciamiento. Por ejemplo, la imparcialidad estuvo en la participación de dos integrantes del jurado que previamente intervinieron en su carácter de vocales del Superior Tribunal en la causa penal que originó el juicio político.
Los jueces explicaron que estos vicios afectaron seriamente las reglas del debido proceso y la garantía de defensa en juicio y, por tanto, eran suficientes para acarrear la nulidad del juicio político seguido en su contra. Por eso, los cortesanos anularon todo lo actuado desde que se confirmó un jury para sacar a la fiscal Goyeneche de su cargo.
En diálogo con Aire de Santa Fe, Goyeneche indicó que aunque falta un fallo de la Corte de Entre Ríos, "esta decisión de la Corte nacional es un hito, no creo que nada vuelva a ser como antes", y aseguró que "Es una muestra del grotesco que hacen algunos funcionarios con tal de tratar de mantenerse impunes. Fue un papelón, y la Corte, poniendo las cosas en su lugar, lo ratifica".
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