El actor siempre ha tomado sus papeles en serio y ha puesto mucha dedicación para lograr dar lo mejor de sí mismo. En el 2000, interpretó al Emperador Commodus en la película Gladiador, trabajo que le valdría una nominación en los premios Oscar y un Globo de Oro como mejor actor de reparto.
A pesar de una prolífica carrera en Hollywood, su vida estuvo marcada por sus primeros años en una secta, la muerte temprana de su hermano River y su veganismo.
Phoenix nació en Puerto Rico y es el tercero de 5 hermanos. River, Rain, Liberty y Summer. Esta última estuvo casada 10 años con el actor Casey Affleck.
Los Phoenix, cuyo apellido original es Bottom, eran parte de la secta Los Niños de Dios, quienes misionaban por América Central y Del Sur. Los padres criaron a sus hijos en un ambiente libre y sin escolarización. Además, ellos no trabajaban, sino que pedían dinero en la calle y los chicos cantaban canciones que alababan a Dios.
A todos sus hermanos los nombraron con nombres asociados a la naturaleza, River (Río), Rain (lluvia), Liberty Butterfly (Mariposa de la libertad) y Summer (Verano). Por eso, a los 3 años Joaquin decidió que él se llamaría Leaf (Hoja). Además, a esa misma edad observó cómo veía que un pez se retorcía hasta la muerte en una tarde de pesca y decidió que de ahí en más no volvería a probar la carne animal. Es vegano hasta el día de hoy.
En Venezuela, la familia decidió renunciar a la secta supuestamente porque el líder había propuesto atraer a nuevos fieles usando sexo. En una entrevista con Vanity Fair, expresó: "Recibieron una carta, o como sea que vino, alguna sugerencia de eso y dijeron ‘a la mierda, nos vamos de aquí. Creo que eran idealistas y creían que estaban con un grupo que compartía sus creencias y valores. Creo que probablemente estaban buscando seguridad y familia. Dejar un país que había asesinado a un presidente y a varios líderes de derechos civiles en pocos años, lo cual es muy difícil de entender, ¿no?".
La secta Niños de Dios estuvo marcada por escándalos de pedofilia, abuso sexual y filmación de videos pornográficos con niños. Además, decían que había discriminación hacia "las personas de piel oscura y los judíos".
Tras salir de la secta, la familia regresó a Estados Unidos y cambiaron su apellido a Phoenix, relacionado a la idea de resurgir de las cenizas.
El hermano mayor de Joaquin, River, comenzó a ser reconocido por su carrera como actor. Amado por los adolescentes por su belleza y su talento para su trabajo, el joven se destacó en papeles como Cuenta conmigo y Espía sin identidad. Él también trabajó para el mundo audiovisual pero haciendo campañas publicitarias, en 1989 se convirtió en una estrella infantil por su participación en Parenthood.
A los 19 años, el actor vivió una tragedia que lo marcó para siempre: su hermano River murió en sus brazos a los 23 años. El joven actor tuvo una sobredosis a las afueras de un boliche de Hollywood, llamado The Viper Room, River se desplomó en la calle cerca de la 1 de la mañana y comenzó a convulsionar. Joaquin corrió a llamar al 911 a un teléfono público, mientras su hermana Rain le hacía respiración boca a boca.
"Está teniendo espasmos, en la calle Sunset y Larrabee. Por favor, vengan aquí. Creo que tomó Valium o algo así, no lo sé. ¡Por favor! ¡Se está muriendo! ¡Por favor!", dijo el actor a los médicos de urgencia.
Fue trasladado de urgencia al hospital Cedars-Sinai con un ataque al corazón y las 1:51 fue declarado muerto. El forense indicó que la joven estrella había ingerido mucha cocaína y heroína, como también marihuana y valium.
Los padres de Joaquin se divorciaron al poco tiempo de la muerte de su hijo. Además, toda la familia se fue de Estados Unidos para instalarse en Costa Rica: "Huimos de todo. Fue horrible, los periódicos... no vimos nada de eso, nos marchamos".
Tras un tiempo, volvieron a Estados Unidos y a pesar de que no quería volver a actuar, los amigos de Phoenix lo convencieron y así llegó a participar de Todo por un sueño y Inventing the Abbotts, en esta última se enamoró de su compañera Liv Tyler, con la que convivió por tres años.
Luego de varias relaciones fallidas, desde 2016 mantiene una noviazgo con la actriz Rooney Mara, que comparte su compromiso con el veganismo.
Además de no comer nada que provenga de animales, Phoenix ha sido la cara visible de la organización PETA y apoya causas para la conservación del medio ambiente y realizó trabajos humanitarios para Amnistía Internacional.
En 2017, fue el productor ejecutivo del documental de Netflix What the Health, que informa sobre los problemas del consumo de la carne roja y procesada. También revela la corrupción del gobierno estadounidense y los patrocinios de la industria láctea y de la carne a las asociaciones médicas.