Responsable de la política de transporte de 2003 a 2009, el ex funcionario kirchnerista deberá presentarse el viernes 8 de junio a declaración indagatoria ante el juez federal Claudio Bonadio, el mismo día que debe comparecer Gustavo Cirigliano, titular del concesionario Trenes de Buenos Aires (TBA). En tanto, el 11 de junio será el turno del sucesor de Jaime, Juan Pablo Schiavi, quien renunció tras el accidente.
El peritaje en poder del juez concluyó, según fuentes judiciales, que el tren estaba en funciones, a pesar de que estaban vencidas las fechas de realización de diversos service. Incluso, un informe oficial le reprochó a TBA que no hacía los service de mantenimiento del tren, que estaban a su costo, para acelerar la realización de una reconstrucción del vagón que paga el Estado. Por ejemplo, el furgón había circulado tres veces el tiempo permitido y los vagones dos veces.
Jaime se encuentra también procesado por Bonadio en un expediente donde lo encontró presuntamente responsable de haber recibido "dádivas" de empresarios del área de transporte que lo habrían invitado a realizar viajes de placer. Además, es investigado por supuesto enriquecimiento ilícito en el juzgado federal de Norberto Oyarbide, que nunca lo citó a declaración indagatoria.