Él pidió su trasladado a las tropas de tierra el 07/06/1820, asumiendo como Jefe interino del Estado Mayor y Comandante General de Armas de Santiago, lo que le impidió participar en un principio de la Expedición Libertadora del Perú, liderada en conjunto por San Martín y Cochrane, durante 4 años y 14 batallas.
En 1822, Blanco Encalada fue enviado al Perú para reemplazar a Martín Guisse como vicealmirante el mando de la escuadra peruana, cuando San Martín expulsó a Cochrane.
Blanco Encalada fue jefe de la escuadra combinada del Perú y la Gran Colombia a las órdenes de Simón Bolívar, a quien describió como "un enemigo peligroso de quien es preciso guardarse mucho”, y no se equivocó: mientras se encontraba bloqueando El Callao se enteró que Bolívar buscaba apropiarse de la isla de Chiloé, territorio que Chile buscaba recuperar hacía tiempo, y era el último bastión español.
Entonces, Blanco Encalada abandonó el bloqueo y condujo a una parte de la flota chilena a la isla en disputa, donde tuvo una destacada participación con el combate de Pudeto, junto al capitán general Ramón Freire Serrano. Luego de la batalla de Bellavista y el Tratado de Tantauco, Chiloé fue incorporada a la República de Chile y concluyó su emancipación de la corona española.
El 09/07/1826, Blanco Encalada fue Presidente de la República de Chile... en forma fugaz: cesó el 09/09/1826.
En 1837 fue designado Comandante en Jefe del Ejército en la 1ra. campaña contra Perú, durante la Guerra contra la confederación Peruana-Boliviana. Las fuerzas de Blanco Encalada fueron destruidas por el mariscal Andrés de Santa Cruz y Calahumana, y él no tuvo más opción que o la muerte o la firma del Tratado de Paucarpata, que aceptó la retirada de Blanco Encalada del Perú para no volver jamás y el pedido de perdón por todos los agravios cometidos durante su invasión, una condición humillante. Pero él lo eligió antes que el fusilamiento.
A su regreso a Chile fue criticado, rechazado y expuesto a un juicio militar. Fue absuelto de los cargos que se le impusieron, pero no logró limpiar su nombre.
Recién reapareció en 1846, nombrado intendente de Valparaíso. En 1852 fue nombrado embajador en Francia y en 1864 fue senador.
Murió el 05/09/1876, en Santiago de Chile, a los 86 años de edad.