El segundo tiempo empezó parecido al primero, pero con el correr de los minutos, los bolivianos comenzaron a dejar más espacios que fueron bien aprovechados por los del Viaducto. A los 17, Julio Furch de cabeza, tras centro de Carbonero, puso el 2-0. Justo en ese momento, Rogerio Ceni de penal le daba la ventaja al Sao Paulo, por lo que los de Alfaro necesitaban 3 goles más para pasar.
A partir de allí, entre la impericia de los delanteros de Arsenal, en especial Benedetto, y la gran actuación de Vaca, el arquero boliviano, el local dejó pasar una y mil chances de convertir. Sobre el final, Ademilson puso el segundo para el Sao Paulo y Reina el descuento para The Strongest, que no le servía para nada.
Llegó el pitazo final en ambos estadios y la suerte ya estaba echada: Sao Paulo a octavos, Arsenal eliminado. De todas maneras, el conjunto de Alfaro no perdió la clasificación en esta fecha, sino en lo partidos ante el Mineiro. En ambas derrotas por 5-2, quedó casi sepultada su intención de pasar, debido a la gran cantidad de goles en contra.
