Se desempeñó también en el ámbito académico como Secretario Ejecutivo del Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (CLACSO). En 1996 recibió el Premio Konex de Platino por su trayectoria en análisis económico aplicado y desde 2009 es Vicepresidente de la Fundación Konex.
Ferrer conservaba una visión crítica de la globalización, lo que quedó plasmado en el libro 'Vivir con los nuestro' (1983) su obra más recordada. Ferrer sostenía una posición contrataria al endeudamiento para impulsar las economías, ya que esto -desde su visión- sólo podía alcazarse a través del desarrollo industrial.
Desde este punto de vista criticaba la propuesta de Cambiemos. En noviembre del año pasado, antes de que Mauricio Macri ganara el balotaje, Ferrer aseguró que el equipo del entonces candidato tenía "una forma de ver el país esencialmente desde la perspectiva financiera" y piensa "que los problemas de falta de dólares se resuelven tomando deuda".
"Van a poner en el centro del escenario la toma de deuda y la inserción otra vez en el mercado especulativo de capitales, se supone que eso va a solucionar la falta de dólares y esto no es así. La falta de dólares es por un problema estructural que se resuelve con desarrollo, no con deuda. En todo caso si se toman créditos en el exterior tienen que ser complementarios del ahorro interno", sostuvo Ferrer aquella vez.
Por otra parte, ya en pleno gobierno macrista, Ferrer sostuvo que la apertura del cepo cambiario se realizó de manera "drástica", aunque reconoció que había que "corregir el atraso cambiario" para " fortalecer las finanzas públicas para proteger el empleo".
En cuanto al acuerdo con los holdouts, en días recientes lo había criticado por, presuntamente, violar la división de Poderes en la Argentina. "No es posible que un juez de Nueva York (Thomas Griesa) le diga al país que se debe derogar una ley para que se llegue a un acuerdo. Eso afecta la soberanía nacional y la división de poderes", dijo en declaraciones a Télam.
