Queen ya era un éxito y Mary pensaba que el distanciamiento que se venía profundizando con Freddie, a pesar de que vivían juntos, estaba relacionado con el ascenso del cantante como estrella de rock. Ella creía que de un momento a otro la dejaría por otra mujer.
Pero en realidad las cosas pasaban por otro lado. Mary contó el episodio en una entrevista concedida hace muchos años al diario inglés Daily May. "Él dijo, 'creo que soy bisexual', yo le dije 'creo que eres gay'. Y no se dijo más. Sólo nos abrazamos. Pensé que había sido muy valiente. Como soy un poco ingenua me llevó bastante tiempo darme cuenta de la verdad. Después, él se sintió bien por habérmelo dicho. Me dijo 'era consciente que tenía otra alternativa, no decírtelo, pero creo que tienes derecho a tener tu propia vida'. Y pensé 'sí, al igual que tú tienes derecho a la tuya'".
Mercury por entonces había comenzado una relación con un ejecutivo de la disquera Elektra Récords.
A pesar de que la relación de pareja terminó, Mary siguió siendo la persona más importante del entorno de Mercury. Tanto que Freddie le dejó en herencia su mansión en el barrio londinense de Kensington, la mitad de su fortuna y de sus futuros ingresos.
Mary también fue la primera persona a la que Freddie le confió que se había infectado del virus del Sida. "Perdí a alguien a quien creía mi amor eterno. Cuando murió sentí que habíamos tenido un matrimonio. Habíamos vivido nuestros votos. Habíamos permanecido juntos en los buenos tiempos y en los malos, en la riqueza y en la pobreza. En la salud y en enfermedad. No podrías haberte separado de Freddie hasta que hubiese muerto, incluso entonces, ha sido difícil", contó Mary en aquella entrevista.
En 1985, Freddie reveló en una entrevista por qué ninguno de sus amantes podría tomar el lugar de Mary: "Todos mis amantes me preguntaron por qué no podrían reemplazar a Mary, es simplemente imposible. Para mí, ella fue una esposa. Para mí, fue un matrimonio. Creemos el uno en el otro, eso es suficiente para mí."
Tras la muerte del cantante, Mary se mudó a la casa que Freddie le dejó en herencia y se transformó en la administradora de la Fundación Phoenix para la lucha contra el Sida.
Consultada en aquel reportaje sobre si quizás fue mejor que Freddie no llegara a envejecer, ella respondió: "no, hubiera preferido que hubiese ocurrido al contrario. Yo tendría que haberme ido primero. Hubiera preferido que fuese él quien tuviera que echarme de menos, en lugar de tener que hacerlo yo”.
