Entremedio de esos años, también se alzó con un título al otro lado del charco. Fue campeón de la Supercopa Uruguaya con Nacional, de Montevideo.
Lo quiso Boca, pasó por Independiente, pero Estudiantes fue el indicado
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En 2022, fue entrenador del Rojo durante algunos meses
Boca quiso incorporarlo a sus filas y los mercados de pases de los últimos años lo tuvieron como uno de los entrenadores en carpeta del Xeneize. Sin embargo, el ex futbolista de Huracán terminó recalando en otro grande, Independiente. En el Rojo no tuvo un buen paso: apenas seis meses en los que no logró encontrar las bases del equipo de una institución con inconvenientes más graves que los futbolísticos.
Sin embargo, su llegada a principios de marzo de 2023 a Estudiantes fue la oportunidad de reivindicarse. 9 meses después del arribo, llevó al Pincha a la final de la Copa Argentina, la ganó, y le volvió a poner la corona al pueblo de Estudiantes después de 13 años.
Estudiantes 2023-2024, el mejor de todos
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Estudiantes de La Plata, el sexto grande
Con un equipo sólido, contundente y sostenido por una estructura tejida con pilares fundamentales, el León se posicionó como uno de los mejores elencos del torneo local. Enzo Pérez, José Sosa, Edwuin Cetré, Guido Carrillo, Santiago Acacíbar, Tiago Palacios, Eros Mancuso, Luciano Lollo... El León clasificó segundo en la Zona B, detrás de Godoy Cruz, y en el camino de los playoffs tuvo que medirse incluso con el buen Boca de Diego Martínez. Nada lo detuvo, ni siquiera un Vélez envalentonado y corajudo que se hizo fuerte en las adversidades de un campeonato sorprendido por su buen andar.
Estudiantes es el nuevo rey del fútbol argentino. Y Eduardo Domínguez se consagra como uno de los entrenadores más influyentes del último tiempo.