La familia se opuso y Martín recurrió al virrey Rafael de Sobremonte. El caso administrativo-judicial duró 13 días, y triunfó el amor: la pareja obtuvo el aval y casi 1 año después, el 29/06/1805, llegaron al altar.
La pareja tuvo 5 hijos: Clementina, Juan, Magdalena, Florencia y Albina.
Martín fue designado Capitán de Puerto en 1806.
Batalló en las invasiones inglesas y en Montevideo él fue herido. Antes, en el Río de la Plata, capturó varios bergantines enemigos. En definitiva, él obtuvo el grado de alférez de fragata de la Armada Española.
En los años siguientes ingresó al grupo patriota integrado por Nicolás Rodríguez Peña y Juan José Castelli, integró el grupo de vecinos notables que participó del Cabildo Abierto, su hogar se convirtió en el lugar de reunión de los líderes de la sociedad de la época, y su mujer fue quien entonó por primera vez el Himno Nacional, el 25/05/1813. Las crónicas de la época dicen que aquel día en su casa estuvieron presentes, entre otros, José Francisco de San Martín, Carlos María de Alvear, fray Cayetano José Rodríguez, Blas Parera, Juan Ramón Balcarce y Vicente López y Planes.
La 1ra. Junta dispuso, por el decreto del 25/06/1810 que la Capitanía de Puertos de las Provincias Unidas del Río de la Plata dejara de obedecer a la comandancia de marina española de Montevideo, y el del 30/06/1810, que la comandara Martín Jacobo Thompson, quien en 1813 obtuvo el grado de teniente coronel.
Él fue Capitán de Puerto hasta 1815, con una actividad intensa. En 1816, el director supremo Ignacio Álvarez Thomas le envió en misión diplomática a USA, intentando lograr el reconocimiento y una cooperación con el entonces presidente James Madison Jr.: 2 fragatas, oficiales y marinería para tripularlas y la autorización para comprar elementos de guerra en ese país. A cambio, ventajas en el comercio bilateral.
Enfermó en Nueva York, no pudo visitar a Madison y no pudo concretar la misión. Él murió a bordo, durante el regreso y su cuerpo fue arrojado al mar.
--------
La sección Banda de Música de la PNA está integrada por 65 integrantes. Aquí entona la marcha de la institución.
--------
Prefectura
El 30/06/1810 se ha establecido como el nacimiento de la Prefectura Naval Argentina.
En los albores de la libertad y como antecedente del movimiento independentista, mediante decreto de la 1ra. Junta de Gobierno Patrio, se designó al frente de la Capitanía de Puerto de las Provincias Unidas del Rio de la Plata al por entonces alférez de fragata de la Armada Real Española, Martín Jacobo Thompson, quien llegó un lustro después a Coronel de Marina.
El documento que homologa la creación del organismo oficial fue refrendado por el secretario de Guerra y Marina de la Junta, el abogado Mariano Moreno.
La creación de la Prefectura Nacional Marítima ocurrió años después, por medio la ley Nº 3.445, el 29/10/1896, a instancias del entonces senador Manuel Florencio Mantilla, quien la reconoció como sucesora de la Capitanía de Puertos.
En medio de los gobiernos de facto cívico-militares, la Armada Argentina avanzó sobre la Prefectura, intentando o absorberla o, de lo contrario, conducirla.
En 1984, ya en la democracia recuperada, se inició la desmilitarización de la organización, transfiriendo gradualmente su dependencia directa de la Armada Argentina, al Ministerio de Defensa.
En 1992, en días de Carlos Menem, con la Ley de Seguridad Interior, se mantuvo la dependencia orgánica respecto del Ministerio de Defensa, pero se estableció la dependencia funcional del Ministerio el Interior.
A partir de 1996, Menem decidió el pase completo a Interior.
En diciembre del año 2010, Cristina Fernández de Kirchner la transfirió al Ministerio de Seguridad, junto a la Policía Federal Argentina, la Gendarmería Nacional y la Policía de Seguridad Aeroportuaria.
En 2019, Mauricio Macri permutó el grado de coronel de marina de Thompson por el de prefecto general, para satisfacción de la PNA.
Ver: https://www.boletinoficial.gob.ar/detalleAviso/primera/210271/20190701
La Prefectura Naval Argentina es la fuerza de seguridad naval de la nación, para proteger todas las vías de navegación, tanto interiores, como exteriores, ejerce el Estado de Abanderamiento, y es Estado Rector del Puerto para el registro de buques y control de condiciones de seguridad en apego a las leyes del país y a los acuerdos internacionales.