Sin embargo, The Whashington Post, de Jeff Bezos, dueño de Amazon, aseguró -al dar la primicia, minutos antes que fuese oficial- que el motivo es la suma de discrepancias con la red social de Mark Zuckerberg.
Un ejecutivo anónimo de la compañía ha explicado al The New York Times que a Koum le preocupan mucho las cuestiones de privacidad de los usuarios y estaba viendo que esa área se descuidaba en los últimos tiempos (y es lo que potencia a Telegram, más allá de los bloqueos que impone Vladímir Putin).
A Koum le inquietaba que se estaban recopilando datos de los usuarios para fines comerciales. Quería una protección máxima para los que confían en su aplicación.
Él también dejó su asiento en el directorio de Facebook.
Cuando Facebook adquirió WhatsApp, Zuckerberg se comprometió a no cambiar su política de privacidad. Pero esa promesa se rompió.
Las críticas hacia la manera con la que Facebook maneja los datos de sus usuarios provocaron duras críticas. La más contundente fue la de Brian Acton, el otro fundador de WhatsApp, que dejó Facebook en septiembre.
Él utilizó su cuenta en Twitter para pedir a sus seguidores que borraran sus cuentas en Facebook.
WhatsApp Inc. fue fundada en 2009 por Koum y Acton.
Koum había llegado desde Ucrania a USA a principios de los años '90 hablando muy poco inglés, y había sido el director del equipo de operaciones de plataforma de Yahoo! y el antiguo jefe del equipo de ingenieros de Acton.
WhatsApp era una utilidad de agenda "inteligente" que permitía "ver" qué estaba haciendo cada persona, a fin de saber si estaba disponible para hablar o si era mejor contactar con ella en otro momento, a través de SMS, etc. (What's up?, cuyo significado se asemeja a ¿qué tal?, ¿qué hay?, ¿qué pasa?, o ¿cómo te va?). A diferencia de otras aplicaciones de comunicación utilizó directamente la información de la libreta de contactos del usuario, evitando crear manualmente nombre de usuario y contraseña.
Era originalmente una aplicación para dispositivos BlackBerry y más tarde, para iPhone. Los estados se podían difundir a todos los contactos o solo unos específicos, simulando un chat o conversación.
Luego recibió capital por US$ 10 millones de Sequoia Capital, y comenzó a crecer.
En marzo de 2013, WhatsApp anunció que la versión para Android, que fue gratuita desde su creación, sería de pago por el primer uso; luego de 365 días de uso es forzoso volver a pagar para extender el uso del programa por otro año.
La renuncia de Jan Koum se conoció en la víspera de que arranque la conferencia de desarrolladores de Facebook en San José (California), que Mark Zuckerberg quiere aprovechar para intentar dejar atrás definitivamente la crisis.