Cabe destacar que la obligatoriedad de esta vacuna para las niñas había generado una polémica cuando el Gobierno kirchnerista la incorporó al calendario, ya que se habló de que no existió un debate adecuado al respecto, teniendo en cuenta sus efectos adversos y su posible ineficacia contra el virus.
En diferentes partes del mundo, sobre todo España y USA, se ha generado un fuerte debate acerca de estas cuestiones. Detractores de la vacuna afirman que la efectividad de la misma no ha sido probada e incluso esbozan supuestos negociados entre los gobiernos y los grandes laboratorios.
En junio de 2013, Japón decidió no recomendar la vacunación contra el virus del papiloma humano por sus efectos adversos. La vacuna contra el VPH es una de las que más efectos adversos presenta entre los pacientes, ademásde representar un fabuloso negocio para los laboratorios. En 2011 se registraron varias muertes de jóvenes por la aplicación de la vacuna (ver nota relacionada).