Echegaray enfrenta varias causas en la Justicia. En la investigación contra Lázaro Báez por lavado de dinero, está acusado de no haber controlado la facturación apócrifa de la que se valió el empresario K para beneficiar a su empresa, Austral Construcciones.
También está procesado por los delitos de "violación de secreto" y "falso testimonio" en una causa que lleva adelante el juez Claudio Bonadio por involucrar en 2014 al entonces diputado Alfonso Prat-Gay en un supuesto caso de evasión impositiva.
Otro de los frentes judiciales del exadministrador federal es la Causa Cicconne. En 2014, el fiscal Jorge Di Lello acusó a Echegaray de haber accedido a un pedido de Amado Boudou, entonces ministro de Economía, para otorgarle un plan de pagos excepcional a la eximprenta Ciccone de 148 cuotas -con un ínfimo interés- para pagar una deuda millonaria.
Además, a fines de junio fue citado a indagatoria por la deuda con el ente recaudador de $8.000 millones de la petrolera Oil Combustibles. El juez federal Julián Ercolini investiga la falta de pago del impuesto sobre los combustibles líquidos y el uso indebido de ese dinero para capitalizar a las demás sociedades del Grupo Indalo (ver notas relacionadas).