En consencuencia, la última vez que se vio dentro de la instalación penitenciaria fue cuando cuando iba al baño. Luego, su celda fue encontrada vacía (ver nota relacionada).
Guzmán estaba recluido en la cárcel El Altiplano, una prisión federal ubicada en Almoloya de Juárez, en el Estado de México, a 25 kilómetros de Toluca, la capital estatal, y a unos 90 kilómetros de Ciudad de México.
En 2001 también había logrado fugarse de la prisión de Puente Grande, estado occidental de Jalisco, a bordo de un camión de limpieza gracias a la ayuda prestada por algunos funcionarios del penal.