Las primeras informaciones indicaron que tenía un disparo en la cabeza de un revólver de pequeño calibre. La confirmación de la muerte la dio el juez que invtervino en la causa, Manuel De Campos, las pericias los controvertidos dichos (y la presencia) del Secretario de Seguridad de la Nación, Sergio Berni en el lugar de la zona despertaron dudas y conjeturas.
Su cuerpo fue hallado por su madre en el baño de su casa, ubicada en el exclusivo barrio de Puerto Madero, días después de que acusase a la presidenta argentina, Cristina Fernández de Kirchner, de encubrir a Irán en el atentado de la mutual judía AMIA perpetrado en 1994. Nisman investigaba el atentado que dejó 85 muertos.
Muchas dudas surgieron a partir del hallazgo del cadáver.
Según la versión oficial, en el apartamento había documentos relativos a la denuncia que Nisman presentó la semana pasada contra la presidenta argentina, Cristina Fernández, y sus colaboradores, y sobre la cual estaba previsto que ofreciese una comparecencia en el Congreso el mismo día de su muerte.
Desde la posibilidad que se trate de un suicidio inducido, la ausencia de pólvora en sus manos, la lista de compra que estaba dirigida a la empleada doméstica,
Poco antes de morir, el fiscal Nisman envió al vicepresidente de la DAIA, Waldo Wolff, un mensaje de Whatsapp. "Le escribí para consultarle sobre quién debía levantar el secreto de sumario sobre los miembros de los servicios de inteligencia. Él me respondió que el que lo tenía que hacer era el secretario de inteligencia, Oscar Parilli, y me envió una foto del escritorio en el que estaba trabajando", explicó Wolff. "Estoy trabajando, ¿Qué te parece esto?", respondió el fiscal, mandándole esta imagen.
Nisman le envió una foto de su mesa de trabajo en la que podían verse varios documentos y subrayadores.
También las dudas se centran en los 'guardaespaldas' del fiscal. Dos policías que custodiaban el piso del fiscal argentino, declararon ante la Fiscalía que nunca subieron a su casa y que intentaron comunicarse con él durante dos horas pero no respondió, informaron medios locales.
