Uno de los informes más críticos estuvo enfocado a la gestión del Occovi, el organismo que controla las concesiones viales, en el que la AGN denunció irregularidades en los procesos de renegociación de concesiones con empresas que registraban incumplimientos totales en obras con las que se habían comprometido.
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Otro informe versaba sobre la APE (Administradora de Prestaciones Especiales), un organismo sospechado de irregularidades en el caso de la llamada "mafia de los medicamentos", en la que detectó el pago de sobreprecios en la campaña de vacunación antigripal de 2004 y defectos en la rendición de cuentas de parte de los sindicatos.
También, la actuación del ferrocarril Belgrano Cargas, en el que revelarían fallas en los planes de prevención sobre el uso indebido de drogas o el que advierte sobre eventuales "desvíos" en el Instituto Nacional de Promoción Turística.
En materia de regulación de transporte, la AGN detectó deficiencias en las tareas de fiscalización del transporte de cargas efectuadas por las delegaciones regionales de la CNRT y demoras en la instalación del sistema de tarjetas para el control del transporte automotor de cargas en las estaciones de peaje.